IonGAP

IonGAP 2017-12-28T12:57:17+00:00

Project Description

IonGAP

IonGap es un pipeline diseñado para el ensamblado y el posterior análisis de secuencias de datos genómicos bacterianos. Tanto sus componentes como su configuración están basados en un proceso de investigación cuyo objetivo es descubrir la combinación óptima de herramientas para obtener buenos resultados a partir de lecturas tipo “single-end”  generadas por el secuenciador Ion Torrent PGM.

La tecnología Ion Torrent permite secuenciación genómica con costes reducidos, lo que conlleva una amplia utilización en genómica bacteriana. Dada la gran cantidad de información producida por esta plataforma, se requieren herramientas de bioinformática más sencillas, intuitivas y que requieran un aprendizaje mínimo, con el fin de trasladar esta herramienta a un entorno clínico aplicado.

IonGap nace desde un proyecto de investigación en la Universidad de La Laguna, donde inicialmente es concebido como una herramienta para los expertos de genómica del Instituto Universitario de Enfermedades Tropicales y Salud Pública de Canarias. Actualmente, se ha convertido en un proyecto conjunto entre el Instituto Tecnológico y de Energías Renovables, la Universidad de La Laguna y el Servicio Canario de Salud, cuyas sede está localizadas en Tenerife, y se ejecuta en el superordenador TeideHPC.

IonGAP es de dominio público, se ejecuta en el superordenador TeideHPC y está siendo utilizado por un amplio número de profesionales, provenientes de múltiples países e instituciones.